После этого получаем все записи из этой таблицы, которые имеют один и тот же tagId, а затем выбираем случайным образом какой-то один.

posts_tags

id postid tagid
1 5 4
2 6 4

где 5, 6 - id статьи 1 и статьи 2 в таблице posts.

Естественно, перед добавлением тега нужно проверить существует ли он уже в базе.

статья_2
вводятся теги: яблокИ, смородина, вишня, клубника

как вносятся теги в табличку tags и как они разносятся в табличку posts_tags.
что делать со смородиной?

tags

id tag
1 яблоко
2 груша
3 слива
4 смородина
5 яблокИ
6 смородина
7 вишня
8 клубника


И, честно говоря, я не до конца понял вопрос о тегах.
Автодополнение реализуется с помощью ajax. Т.е. с помощью javascript анализируем введенный текст и отправляем запрос серверу, который должен вернуть список с вариантами. В простейшем случае можно сразу отправить весь введенный текст, но ничто не мешает сделать предварительную обработку, например, вырезать начало строки включая последнюю запятую. По-хорошему, конечно, нужно обеспечить подсказки не только для последнего тега. Т.е. определить положение курсора, вырезать текущий тег (по запятым) и отправить его серверу.

Примерно такой вариант реализован на bobrdobr.ru, правда иногда подглючивает (или просто притормаживает).

В статье описан случай хранения, частично вывода (с этим нет сложностей) и вывода облака.
Есть встречный вопрос, как сделать так?
http://www.google.com/webhp?complete=1&hl=en
Такое применяется сейчас в социалке вконтакте.
Т.е. чтобы при начале набора тега, появлялись варианты ответов.
Но здесь тоже сложности. Через запятую внося ключевые слова, теоретически уже не получится показывать варианты существующих тегов.